בתום סאגה משפטית שנמשכה קרוב ל-7 שנים, קבע השבוע בית המשפט המחוזי בירושלים (בשבתו כבית משפט לעניינים מינהליים) כי החלטת רשם ההקדשות, להכריז על "חברת ישיבת פוניבז' בע"מ" כ"חברה לתועלת הציבור", "חל"צ" בעגה המשפטית, הינה החלטה מוצדקת. שכן היא עומדת בקריטריונים המגדירים אותה כחברה לתועלת הציבור, מאחר ומטרות החברה הינן מטרות ציבוריות ולא מטרות פיננסיות, ובנוסף נאסר על החברה לחלק מרווחיה לחבריה.

לאחר החלטת רשם ההקדשות לרשום את החברה כחל"צ, עתר הרב כהנמן לביהמ"ש המחוזי בירושלים כנגד רשם ההקדשות ברשות התאגידים. לטענת הרב כהנמן החברה אינה פועלת למטרה ציבורית כלשהי, אלא מבצעת פעילות בתחום אחזקת הנדל"ן, כפי שניתן ללמוד מהדו"חות הכספיים של החברה לשנים 1966, 1979 וכן 2007-2005, אשר לעמדתו מצביעים על פעילות של החזקה ורכישת נדל"ן בלבד; כי פעילותה העסקית של החברה כוללת הפרשה לקרנות שונות, העברת כספים לגופים שאינם ציבוריים בארץ ובחו"ל, וכן השאת רווחים מנדל"ן.

כמו כן טען הרב כהנמן, כי ההחלטה מסבה פגיעה חמורה בזכות הקניין של בני משפחת כהנמן, באופן רטרואקטיבי, שכן הפיכת החברה לחל"צ – תביא לביטול בדיעבד של צו הירושה של הרב אברהם כהנמן, שכן אשתו הרבנית לא יכולה הייתה לרכוש זכות טובה במניות היסוד שהוריש לה, ואף לא להעבירן לבנה הרב אליעזר כהנמן.

בפסק דין ארוך ומנומק סקר השופט יורם נועם את השתלשלות הקמת חברת ישיבת פוניבז' על ידי מרן הרב מפוניבז' זצ"ל, עוד בשנת 1940 בעיצומם של ימי המלחמה. כאשר בתקנונה נכתב כי מטרת החברה היא "לבצע ולהקים ישיבה (בית ספר רבני) בכל מקום בפלסטינה עם כל הסניפים וכיתות הכנה, כמו גם בתי פנימייה לסטודנטים של הישיבה ושל סניפיה וכיתות ההכנה שלה, ולמטרה זו להעסיק מנהלים, מרצים, מורים, פקידים, וכל אנשי צוות אחרים, הנדרשים לצורך האדמיניסטרציה והניהול של הישיבה, סניפיה וכיתות ההכנה שלה".

בהמשך, בשנת 1946 נוסף לתקנון החברה סעיף נוסף לפיו: "הואיל ומטרות החברה אינן עסקיות, והחברה אינה שואפת לרווחים כלל וכלל, והואיל והיא משקיעה את כל העודפים בפיתוחם של המוסדות החינוכיים אשר להחזקתם נוסדה החברה, והואיל ולמעשה כל בעלי המניות השתתפו בחברה לא לשם קבלת רווחים בצורת דיוידנדות או הטבות אלא אך ורק כדי לתמוך ולהצעיד את מטרות החברה קדימה, לפיכך מן הרצוי שגם באופן פורמאלי-משפטי תבוטל הזכות של בעלי המניות באופן שלא מחזיקי מניות היסוד ולא מחזיקי המניות הרגילות יהיו זכאים לקבלת דיוידנדות והטבות באיזו צורה שהיא".

משכך, קבע בית המשפט, כי החברה עונה להגדרת "חברה לתועלת הציבור", מכיוון שמטרותיה הינן מטרות ציבוריות וכי נאסר על בעלי המניות לקבל רווחים.

יצוין, כי בפסק הדין ובטיעוני הצדדים הוזכר כי גם הקק"ל וקרן היסוד מוגדרות כחברות לתועלת הציבור מן הטעמים הללו, שכן מטרותיהן הינן מטרות ציבוריות וכי נאסר על בעלי המניות לקבל רווחים.

המשמעות המשפטית, לפי פרשנות גורמים במחנה הגר"ש מרקוביץ', של פסק הדין הינה, כי העברת המניות מהרבנית רבקה כהנמן לבנה הרב אליעזר כהנמן בטלה, ומשכך מינויים של חברי הדירקטוריון שמונו ע"י הרב כהנמן כבעל המניות בחברה, אינו תקף. מה שמחזיר את החברה לבעלותם השווה של שני חברי הדירקטוריון היחידים שנותרו בחיים, ראש הישיבה הגר"ש מרקוביץ שליט"א ונשיא הישיבה הגר"א כהנמן שליט"א.